Ségolène Royal s'engage à demander au niveau de l'Union Eurpéenne "que les dépenses publiques de Recherche & Développement ne soient plus inclues dans les critères du pacte de stabilité et de croissance". Elle souhaite également construire au niveau européen "des réseaux entre les laboratoires et les établissements et [développer] des collaborations transfrontalières". Les grandes orientations de la recherche seront définies "sur la base d'un débat parlementaire et de l'avis d'un Haut conseil" dont les modalités de nomination devront garantir l'indépendance. Pour les "orientations sensibles", des "conférences citoyennes de consensus" pourront "précéder ces travaux".

Le doctorat devra être pris en compte "dans les reconstitutions de carrière, pour les trois fonctions publiques (État, territoriale, hospitalière)" et la reconnaissance de "l'expérience professionnelle" qu'il constitue devra devenir "un objectif prioritaire des discussions entre partenaires sociaux du secteur privé". Ségolène Royal veut aussi "réorienter" partiellement le crédit impôt recherche vers les PME ou le conditionner à l'embauche de docteurs. Elle proposera aux régions de "signer un pacte de l'innovation" et leur donnera "la possibilité (…) de soutenir directement des fonds d'amorçage".

"L'autonomie des universités doit être renforcée dans le cadre national et leur gouvernance rendue plus efficace." Ségolène Royal plaide pour un renforcement du rôle des PRES (pôles de recherche et d'enseignement supérieur) qui devront aussi s'intéresser "au niveau licence" et devront devenir "un lieu d'élaboration de l'ensemble de la carte de formation à l'échelle d'un territoire, concernant tous les établissements". Ségolène Royal estime donc que le PRES permet de poser "les premiers jalons" d'un rapprochement entre grandes écoles et universités.

Les missions de l'ANR seront "redéfinies" pour "développer une recherche plus ciblée", "inciter les collaborations entre secteurs public et privé" et "encourager les coopérations thématiques entre organismes de recherche". L'ANR "aura aussi pour vocation de préparer les équipes de recherche à mieux s'insérer dans la logique de l'espace européen". Quant à l'agence de l'évaluation, elle "dégagera des principes communs aux diverses instances d'évaluation et habilitera ces dernières".

Il faudra "débattre" de la baisse du service d'enseignement et faire en sorte que "la participation des chercheurs aux enseignements soit incitée et reconnue". Ségolène Royal veut "créer, dès le début du premier cycle, un suivi et une aide personnalisée des étudiants" notamment à travers un "système de tutorat".